抗生素不合理使用的危害普通公众知道甚少，其主要危害有：
1、诱导新的耐药菌株形成，使感染难治或不能治愈，如结核、耐甲氧西林葡萄球菌、产超广谱β-内酰胺酶细菌感染;
2、破坏人体正常微生态系统平衡，引发内源性感染，如真菌感染、伪膜性肠炎等;
3、耐药菌感染由院内获得感染演变为社区获得性感染，成为解决现代感染最棘手的问题。
国外曾有报道：一男子认为所有食物均被细菌污染，因而每天饭前都自行服用抗生素，且经常更换种类，更亲睐于新药，该男子在一次重感冒中并发细菌性肺炎，经分离培养的病原菌对所有抗生素耐药，对此医生也无力回天。
面对新的耐药菌株不断出现及其严重危害的严峻形势，微生物学家发出警告，如果不采取有效措施干预抗生素的不合理使用，在不远将来，面对感染病的治疗我们将束手无策。国外对抗生素的使用早已立法，明确抗生素的使用必须在实验室检测结果(药物敏感试验)指导下使用。