手足口病怎样与其他疾病区分在于：
小儿手足口病因为与几种常见病如上呼吸道感染、水痘等很相似，不好鉴别，所以家长更应该仔细观察。一般水痘是呈向心性分布，以头、面、胸、背为主，随后向四肢蔓延；而疱疹性咽炎虽然也会发热，咽部起疱疹，但水疱如针眼大小，以咽颊、软腭、扁桃体多见，发热常在38℃以上，其他部位不出现疱疹；单纯疱疹多分布在颊黏膜、舌及牙龈，继发感染常见于口唇、眼睑、鼻周，为粟粒状水疱，没有其他部位的皮损。
而如果孩子染上了手足口病，一般手心、足心、口腔黏膜、肛周等部位会出现皮疹，皮疹的颜色是红紫色，少数患儿波及四肢及臀部，躯干部极少。